در بيماريهايي نظير اسهال ناشي از گاستروآنتريت حاد ويروسي پروبيوتيكها ميتواند طول دوره بيماري را در كودكاني كه بيماري ديگري ندارند تا 1 روز كاهش دهد. LGG نام يكي از بهترين پروبيوتيكها است. با اين حال به طور معمولي و روزانه براي پيشگيري از اسهال عفوني مگر در شرايط خاص (مراكز مراقبتي اطفال) استفاده نميشود. در شايع‌ترين نوع اسهال عفوني حاد در شيرخواران مصرف واكسن 5 ظرفيتي جديد روتاويروس از پروبيوتيكها بهتر جواب داده است.
پروبيوتيك ها براي پيشگيري از اسهال ناشي از آنتي بيوتيك ها براي حمايت نيز استفاده ميشوند. اما دليل محكمي براي تاثير در درمان وجود ندارد. LGG، بيفيدوباكتريوم لاكتيس، استرپتوكوك ترموفيلوس و ساكارومايسس بولاروي در كارآزمايي هاي تصادفي شده شاهد دار به كار برده شده‌اند، اما درمورد اسهال ناشي از كلستريديوم ديفيسيل ناشي از آنتي بيوتيك از اين كارآزمايي تصادفي شاهد دار استفاده نشده است.
آتوپيك و پروبيوتيك به دليل ثابت شدن اينكه در بيماري آتوپيك كودكان بيشتر فلور روده حاوي كلستريديوم و كمتر حاوي بيفيدوباكتريوم مي باشد سودمندي پروبيوتيك ها در كودكاني كه شيرخشك مصرف ميكنند و در معرض آتوپيك قرار دارند مورد توجه قرار گرفته است. شواهد نشان داده كه مصرف پيشگيرانه پروبيوتيكها در مادران باردار و در ادامه درمان در مادر و فرزند به هنگام شيردهي حمايت ميكند.
انتروكوليت نكروزان و پروبيوتيك از نظر دکتر احمد شاه فرهت غالبا در نوزاداني كه نارس باشند فلور نرمال دستگاه گوارش با تاخير و به صورت نا به جا ايجاد ميشود كه ميتواند ناشي از محدوديت در تغذيه گوارشي و تجويز آنتي بيوتيك ها باشد. اين عامل در افزايش خطر NFC در نوزادان نارس به نظر ميرسد كه مشاركت داشته است. نقش حامي پروبيوتيك ها در نوزادان با وزن تولد كم 1 تا 5/1 كيلوگرم ديده شده است. ولي تعيين مقدار و نوع خاص پروبيوتيك كاري بسا مشكل است. بيماري التهابي مزمن روده و اثر پروبيوتيك ها روي آن: حدود 70% از اطفال و بزرگسالان مبتلا به بيماري التهابي روده( كرون يا كوليت اولسري مزمن) به طور روتين و عادي از داروهاي مكمل و جايگزين استفاده مي نمايند كه پروبيوتيكها نمونه‌اي از آنها هستند. سودمندي طولاني مدت استفاده از پروبيوتيكها در بيماري كرون در اطفال توصيه نميشود و هنوز نياز به پژوهش دارد. براي درمان كوليت اولسري مزمن نتايج كارآزمايي تصادفي شده شاهددار اميدواركننده بوده اما باز هم به پژوهش‌هاي بيشتري نياز است.
بيماريهاي ديگر و اثر پروبيوتيكها روي آنها در بيماريهايي مانند سندرم روده تحريك پذير، يبوست و عفونت‌هاي خارج روده‌اي سودمندي پروبيوتيكها بايد بررسي بيشتري شود و در كودكان توصيه نميشود. حتي براي درمان كودكان دچار گاستريت هليكوباكترپيلوري قبل از توصيه بايد بيشتر مورد پژوهش قرار گيرد. در مورد بيماري سرطان هنوز به اثبات نرسيده است. در شيرخواران و كودكان دچار نقص ايمني، ناتواني مزمن، بيماري شديد يا وسايل پزشكي كار گذاشته شده ممكن است مصرف پروبيوتيكها خطرناك باشد.
پره بيوتيك ها مكمل‌هايي حاوي يك جزء غيرقابل گوارش، معمولا به صورت اليگوساكاريد هستند كه به صورت انتخابي رشد يا فعاليت مطلوب باكتري هاي پروبيوتيك طبيعي را تحريك كرده و با اينكه قابل گوارش نيستند اما موجب افزايش تكثير باكتريهاي پروبيوتيك به ويژه بيفيدباكرتيوم در كولون ميشوند. براي شيرخواران تا 6 ماهگي چون شير مادر حاوي مقادير قابل توجهي پره بيوتيك است ترجيح داده ميشود. شواهد مبني بر اثربخشي اضافه كردن اليگوساكاريد به عنوان پره بيوتيك به شيرخشك وجود ندارد. در مورد پره بيوتيك ها و كاربرد آن در پيشگيري بيماريهاي كودكان يا درمان آنها كارآزمايي تصادفي شده شاهددار به صورت وسيع انجام نشده است اما شواهد نشان ميدهد كه اين مكمل ها فوايد درازمدت از نظر پيشگيري از اگزماي آتوپيك و عفونت‌هاي شايع در شيرخواران سالم داشته باشند. با اين وجود قبل از توصيه به مصرف آن به ويژه در كودكاني كه با شيرخشك بدون هيدروليز نسبي تغذيه ميشوند بايد پژوهش‌هاي بيشتري در اين موارد صورت گيرد. قولنج و پروبيوتيك: قولنج يا كوليك در نوزادان رايج است. دکتر فرهت میگوید از هر 5 نوزاد يك نفر تا 3 ماهگي به آن دچار ميشود. و چند ساعت در روز گريه ميكنند. مطالعات نشان داده كه پروبيوتيكها در نوزاداني كه منحصرا از شيرمادر تغذيه ميكنند قولنج را بهبود بخشيده است. دليل ايجاد كوليك ناشناخته است ولي ميتوان از پروبيوتيكها به عنوان يك درمان توصيه كرد. علائم: گريه، معده متورم، كشيدن پاها به سمت شكم
